Grazie alla rapida condivisione mondiale dei dati genomici del SARSCoV2 via http://gisaid.org è stato possibile ricostruire modelli di diffusione del COVID-19 Coronavirus su larga e piccola scala.
Studiando questa intersezione tra grande e piccolo, ad un certo punto è emerso che una discreta frazione (10/43) di virus sequenziati campionati dopo l’1 febbraio appartiene a una particolare discendenza genetica. Questo lignaggio ha infatti mutazioni uniche che lo differenziano dagli altri SARSCoV2. Esso contiene virus campionati da Germania, Svizzera, Finlandia, Italia, Brasile e Messico. Il campione italiano proviene dalla Lombardia e suggerisce che è responsabile di una parte considerevole dell’epidemia italiana. Alla base di questo lignaggio si trova il campione Germania/BavPat1/2020, il “paziente 1 Coronavirus” in Baviera che era stato infettato da un collega di lavoro di ritorno dalla Cina. Questo cluster è stato studiato tramite la traccia dei contatti e la loro analisi approfondita.
https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMc2001468
Incredibilmente, sembra che questo cluster contenente Germania/BavPat1/2020 sia l’antenato diretto dei virus successivi e abbia quindi portato direttamente a una frazione dell’epidemia diffusa che circola oggi in Europa.
Pertanto, in modo analogo al caso nello Stato di Washington (https://twitter.com/trvrb/status/1233970271318503426), si è avuta una situazione in cui un cluster è stato identificato tramite uno screening intensivo dei viaggiatori, ma il contenimento è fallito poco dopo ed è stata avviata una catena di trasmissione prolungata. Un team di studiosi di Seattle ha sequenziato il genoma del COVID-19 Coronavirus sul caso riportato il 29 febbraio dalla comunità della contea di Snohomish, WA, ed ha pubblicato la sequenza su http://gisaid.org. Ciò comporta alcune enormi implicazioni.
Lo “screening intensivo dei viaggiatori” ed il “contenimento” riguarda la parte americana della ricerca, ma non si sa se il Pat1 è stato messo in quarantena per almeno 2 settimane, nè se ne è stata monitorata la temperatura dopo aver attraversato i confini, a lui ed a coloro che viaggiavano con lui.
L’indagine bavarese non ha rilasciato pubblicamente alcun dettaglio sulla ricerca dei contatti risalenti ad un mese addietro, ma generalmente avere una frazione di casi asintomatici o lievi che possono continuare a trasmettere il contagio Coronavirus rende difficile il completo contenimento di un gruppo. L’isolamento sarebbe ancora utile per ridurre la trasmissione complessiva.
D’altra parte, solo perché un cluster è stato identificato e “contenuto” non significa in realtà che questo caso non abbia seminato una catena di trasmissione che non è stata rilevata fin quando non è diventata un’epidemia considerevole.
Gli scienziati cinesi affermano che il virus COVID-19 Coronavirus si è probabilmente mutato geneticamente in due varianti: S-cov e L-cov e credono che la L-cov (quella del paziene bavarese) sia più pericolosa, abbia una maggiore trasmissibilità e infligga più danni al sistema respiratorio.
Tutto chiaro?
https://threadreaderapp.com/thread/1235104921260675072.html
[Lisa Stanton]
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